El Magíster en Ingeniería Industrial UC  tiene una duración de 2 años en un esquema bimestral, con actividades distribuidas entre marzo y mediados de diciembre de cada año, con 1 semana de libre entre bimestres, 1 para Fiestas Patrias y 2 a mediados de julio. Los cursos bimestrales constan de 8 semanas con clases y 1 semana donde se programa el examen o trabajo final de curso.

Los cursos del MII UC están organizados en tres áreas principales que responden al perfil fundamental de este Programa, que es unir el lenguaje cuantitativo, con el económico y con el de comportamiento organizacional.

Área Analítica Cuantitativa (Investigación Operacional y Gestión de Operaciones), que entrega las herramientas metodológicas que permiten el análisis y modelamiento cuantitativo de los problemas en las organizaciones complejas.

Área Económica Financiera, que entrega la formación en los conceptos necesarios para evaluar el impacto de las decisiones desde la perspectiva de la economía, la contabilidad y las finanzas, tanto a nivel operacional como corporativo.

Área de Comportamiento e Innovación (Gestión y Soft Management) , que entrega los elementos formadores de habilidades gerenciales que permiten a los graduados interactuar con efectividad en sus organizaciones, incluyendo las habilidades de liderazgo, trabajo en equipo, negociación y capacidad de emprendimiento e innovación.

El MII UC busca dar una formación integral en gestión a todos los alumnos que ingresan al Programa. Para esto debe velar por un equilibrio de los créditos de cursos entre los tres lenguajes de la gestión antes descritos.