Los cursos del Magíster en Ingeniería Industrial UC  están organizados en tres áreas principales de la gestión, que responden al perfil fundamental de este Programa, que es unir el lenguaje cuantitativo, con el económico y con el de comportamiento organizacional.

Área Analítica Cuantitativa (Investigación Operacional y Gestión de Operaciones), que entrega las herramientas metodológicas que permiten el análisis y modelamiento cuantitativo de los problemas en las organizaciones complejas.

Área Económica Financiera, que entrega la formación en los conceptos necesarios para evaluar el impacto de las decisiones desde la perspectiva de la economía, la contabilidad y las finanzas, tanto a nivel operacional como corporativo.

Área de Comportamiento e Innovación (Gestión y Soft Management) , que entrega los elementos formadores de habilidades gerenciales que permiten a los graduados interactuar con efectividad en sus organizaciones, incluyendo las habilidades de liderazgo, trabajo en equipo, negociación y capacidad de emprendimiento e innovación.

El MII UC busca dar una formación integral en gestión a todos los alumnos que ingresan al Programa. Para esto existe un equilibrio de los créditos de cursos mínimos entre los tres lenguajes de la gestión antes descritos.